멸종의 원인 중 자연적 멸종에 대해 알아보자. 과거 지구에 생존했던 종이 현재에는 멸종되고 없는데 인간이 지구상에 우점종으로 군림하기 이전에 일어났기 때문에 자연적인 현상에 의해 멸종된 것으로 생각된다. 가장 그럴듯한 해석은 멸종된 종들이 기후와 같은 환경의 변화나 포식, 경쟁과 같은 생물적 환경의 점진적인 변화에 성공적으로 대처하지 못했기 때문이라는 것과, 다른 하나는 예기치 못한 환경변화로 인해 갑자기 멸종된 경우도 생각해 볼 수 있다. 지질학상으로 나타나는 활석을 통해 계통적으로 유연관계가 있는 종들이 동시대에 나타났다가 사라지는 것을 볼 수 있다. 종자 고사리와 같은 식물의 한 문이 출현한 후 분화 과정을 거친 다음 사라지는 경우가 그 예이다. 동물에서도 하나의 목이 나타났다가 사라지는 경우를 볼 수 있는데, 이러한 생물종의 멸종률은 지질시대 전 기간에 걸쳐 일정하지 않았다. 지질시대에 대략 9번 정도 대량으로 종이 멸종된 기간이 있음을 알 수 있다. 가장 대규모로 일어난 경우는 지금부터 25000만 년 전인 페름기의 말에 있었으며 해양에 살고 있던 종의 96%가 멸종된 것으로 추산되고 있다.
지금부터 6,500만 년 전인 백악기의 말에도 많은 척추동물들이 멸종되었다. 가장 두드러진 경우로는 공룡과 같은 파충류의 멸종인데 이때 많은 종류의 식물과 무척추동물도 함께 멸종되었으며 전체적으로 지구상에 살고 있는 동물의 절반 정도가 이 기간에 멸종되었다. 이처럼 대량으로 종이 멸종하게 된 이유로는 직경이 10km나 되는 운석이 지구와 충돌하여 이때 다량의 미세먼지가 대기 중으로 확산하고, 그 결과 이차적으로 기후의 변화가 초래되었기 때문이다. 섬에 살고 있는 생물과 같이 규모가 작고 고립된 개체군들은 자연적으로 또는 인위적으로 멸종될 확률이 비교적 높다는 것은 잘 알려진 사실이다. 규모가 작고 육지에서 더 멀리 떨어진 고립된 섬일수록 종의 멸종률이 높다. 자연적인 종의 멸종을 관찰한 예는 극히 드물지만 따라서는 분포 범위가 넓은 종의 특정 지역개체군이 일시적으로 한 지역에서 멸종되는 현상을 관찰하는 경우는 가끔 있다. 이러한 일시적인 멸종 현상은 대부분 갑작스러운 기후변화나 환경 교란에 의해 야기된다. 이번에는 인위적인 멸종을 생각해 보자. 인간의 직접 혹은 간접적인 행위의 결과 많은 종이 멸종된다. 야생동물의 멸종은 정치, 경제, 문화 등 우리 일상생활과 밀접한 관련을 맺고 있는데, 기본적으로는 인구 증가로 인한 주거지나 경작지 그리고 상업지역의 확장과 산업발달로 인한 각종 오염물질의 증대에서 비롯되는 서식처의 변화, 두 번째는 오락이나 상업적인 목적을 위한 과도한 사냥, 세 번째는 포식자나 경쟁자 또는 병원성 생물과 같은 외래종의 이입 등을 들 수 있다. 부수적으로는 인간의 자연관에서도 그 원인을 찾아볼 수 있다. 현대와 같은 산업사회에서 인류는 자연을 인간 위주로 생각하며 정복 대상으로 보는 자연관을 가지고 있다. 여기에는 인간과 자연은 별개의 것이라는 생각이 내포되어 있어 자연을 보호하려는 의도보다는 개발하고 이용하려는 생각이 지배적이라고 할 수 있다. 이러한 인위적인 영향으로 인하여 멸종되는 종의 수나 멸종위기에 처한 종이 급증하고 있다. 지난 200년 동안 인위적인 원인으로 멸종된 척추동물의 종수는 포유동물 약 100종, 조류 약 160종, 기타 많은 분류군이 멸종된 것으로 추산되고 있다. 구체적으로 서식처의 변화를 살펴보겠다. 종의 소멸 원인은 대부분 서식처의 변화 때문이다. 동물은 서식처가 변화되면 변화된 환경에 적응하든지, 다른 곳으로 이주하든지 아니면 죽는다.
자신의 세력권에서 내몰린 동물은 비슷한 생태적 지위를 갖는 다른 종과 경쟁하여 새로운 세력권을 형성하든지 아니면 혹독한 서식처로 이주하여 포식자에게 잡아먹히든지, 굶어 죽든지 혹은 병에 걸려 죽는다. 식물은 동물과 달리 서식처의 변화에 더욱 민감하다. 서식처의 파괴는 벌목, 습지를 메우거나 습지의 물을 제거하는 행위, 과방목, 농경지 확대, 도시의 확장, 고속도로 건설, 댐의 축조, 노천채광 등 매우 다양하다. 벌목하면 수관층이 제거되어 광량이 증가하고 습도가 낮아지며 토양의 수분 조건도 달라진다. 삼림이 교란받기 전에는 수관층 밑에 여러 종류의 음지식물이 생육할 수 있었지만 벌목 후에는 더 이상 이러한 음지식물이 생육할 수 없게 된다. 인위적으로 산불을 발생시켜 연료가 될 낙엽층을 제거함으로써 큰 산불이 일어나는 것을 예방하는 경우가 있는데, 이런 경우에도 자연생태계에 변화를 초래할 수 있다. 산불이 발생하던 때에는 새로 발아하여 성장하는 어린 소나무들이 많아 소나무 덤불에 둥지를 트는 새들이 많다. 그러나 산불을 방지하여 소나무가 크게 성장하면 이러한 새들은 둥지를 만들 장소를 잃게 되어 그 지역에서 살 수 없게 된다. 육식동물은 먹이를 구하기 위해 일정한 넓이의 사냥터가 필요하다. 이들이 서식하고 있는 숲은 가로질러 도로를 건설할 경우 육식동물은 차량의 소통이 빈번한 도로를 이용하지 못하기 때문에 실제로 서식처의 면적이 반으로 줄어드는 결과를 초래하게 된다. 또한 소음이 많아지면 이들의 먹이가 되는 초식동물이나 다른 육식동물들의 수가 줄어들어 결국 서식처 위치를 옮겨야 한다. 캘리포니아 콘돌도 서식처 변화로 인하여 멸종위기에 있는 종 가운데 하나이다. 사냥에 의한 종의 소멸은 전체의 39%를 차지하는데 이 중 상업적인 사냥에 의한 멸종이 전체의 20%, 오락을 위한 것이 12%, 그리고 생계를 위한것이 6%이다.
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